Az FBI-t és James Comeyt, a Szövetségi Nyomozó Iroda vezetőjét sok kritika érte, amiért – a korábbi gyakorlattal szakítva – az elnökválasztási kampány finisében bejelentette, hogy újraindítják a nyomozást Clinton asszony e-mail-ügyében, s ezzel alaposan beleavatkozott a választás menetébe. Felmérések azt mutatták, hogy a bejelentés nyomán zuhant Clinton támogatottsága, s a Demokrata Párton belül sokan úgy vélik, hogy Comey fellépésének nagy szerepe volt a volt külügyminiszter választási vereségében.
Michael E. Horowitz, az igazságügyi tárca főrevizora közölte, hogy számos kongresszusi honatya és civilektől érkezett megkeresések nyomán indítják meg a vizsgálatot. Nagyon úgy tűnik azonban, hogy egy héttel a hatalomváltás előtt már túl későn hozták meg ezt a döntést. Hiszen – mint azt a CNN hírcsatorna jogi szakértője, Jeffrey Toobin kifejtette, igencsak kérdéses, hogy a Trump-kormányzat hivatalba lépését követően folytatódik-e a vizsgálat, Horowitz megbízatása ugyanis Obama leköszönésével, a jövő héten megszűnik. A korábbi gyakorlat szerint ezek a tisztviselők, noha politikai kinevezettek, maradhattak a hivatalukban, nagy kérdés azonban, hogy Trump igazságügyi minisztere, Jeff Sessions ezt engedélyezi-e, vagy inkább saját emberét nevezi ki a belső ellenőrzés élére.
A Fehér Ház közölte, hogy nem volt szerepe a belső vizsgálat megindításában.