Hónapokig börtönben
1998-ban azonban az alkotmánybíróság alkotmányellenesnek minősítette a Jólét Pártját. Feloszlatták a tömörülést. Tüntetéseket szerveztek a betiltott párt mellett, ezeken Erdogan is többször felszólalt. Az egyik megmozduláson egy a 20. század elején élt török író, Ziya Gökalp versét írta át némiképp, amelyet egy bíróság úgy ítélt meg, hogy erőszakra szólított fel. Ezért tíz hónapos börtönbüntetésre ítélték: 1999. március 24-én vonult börtönbe, de 1999. július 27-én szabadon engedték. Gyors kiengedése ellenére egy súlyos csapás érte: fel kellett adnia polgármesteri posztját, s az ítélet értelmében a parlamenti választásokon sem indulhatott.
Erdogan azonban nem adta fel, s új, az iszlám alapjain nyugvó pártot alapított. 2001-ben hívta életre az Igazságosság és Fejlődés Pártját, az AKP-t, amely óriási fölénnyel nyerte meg a 2002-es parlamenti választást: a szavazatok majdnem kétharmadát szerezte meg. Tudni kell, hogy az iszlamista pártok korábban is népszerűek voltak, Erdogan nevét azonban ekkor már nem csak Isztambulban, hanem más városokban, illetve a hagyományosan konzervatív vidéki fellegvárakban is nagy tisztelettel emlegették.
Miután ekkor még továbbra is érvényben volt a politikától való eltiltására vonatkozó bírósági határozat, az Erdogan jobb kezeként ismert Abdullah Gült tették meg kormányfőnek. 2002 decemberében azonban a választási bizottság szabálytalanságokra hivatkozva új voksolást rendelt el, amelyet 2003-ban meg is tartottak. Ezen már Erdogan is indulhatott, így ő vette át a posztot Gültől.
Erdogan ekkori intézkedéseit Nyugaton is elismerték. Miután hazája egyik prioritásának nevezte Törökország uniós csatlakozását, valóban olyan döntéseket hozott, amelyek korábban elképzelhetetlenek lettek volna. Javított a kurd kisebbség helyzetén, s az örmények 1915-ös tömeges meggyilkolása miatt is sajnálkozását fejezte ki. 2009 novemberében azt mondta, egy muzulmán számára tiltott a genocídiumban való részvétel. Erdogan kormányfőként javított az emberi jogok helyzetén, s több jogot biztosított a vallási kisebbségeknek. A kormány például 2 milliárd dollár értékű ingatlan visszaadását biztosította a keresztény és a zsidó közösség számára.
Jelentősen emelte az oktatásra szánt pénzösszegeket, komoly infrastrukturális beruházásokat határozott el. Kormányzása alatt például a törökországi repülőterek száma megkétszereződött. A Török Köztársaságban 1923-2002 között 6000 kilométernyi kétsávos út épült, 2002-2011 között azonban további 13 500 kilométer. A vasúthálózat is gyorsan fejlődött.
A kormány 2006-ban átfogó szociális intézkedéseket léptetett életbe. Ennek értelmében a 18 év alattiak számára ingyenes orvosi ellátást biztosítottak. Erdogant körülbelül 2010-ig Nyugaton is elismerték, s nemcsak az emberi jogok, hanem a gazdaság javítása terén elért eredményeit is. Amint azonban kezdett lelassulni a török gazdaság teljesítménye, s ahogy kezdett bebizonyosodni, hogy Ankarát nem látják szívesen az Európai Unióban, úgy kezdett Erdogan mind jobban elfordulni a demokráciától.
A Riporterek Határok Nélkül szervezet sajtószabadságot vizsgáló listáján az ország zuhanni kezdett: a 100. helyről a 154. helyen találta magát 179 országból 2014-ben.
Fiatalok mozgalma
Egyre több városi fiatal fordult szembe a kormánnyal, kivált a 2013 májusi és júniusi Gezi parki tüntetések rendőrség általi leverése után. Erdogan mintha egyre inkább burokba került volna. Mind kevésbé fogadta el az övével ellentétes véleményeket. Mintha megrészegítette volna a hatalom. Amikor az igazságszolgáltatás több hozzá közel álló személyiség letartóztatását rendelte el 2013 végén, keményen fellépett a bírák ellen.
Erdogan demokratikus vezetőként indult, de az állandó választási győzelmek hatására egyre jobban kezdett eltávolodni a demokratikus alapértékektől. Miután többször nem jelölhette magát kormányfőként, az elnöki székbe ült át abban a reményben, hogy alkotmányos jogköreit államfőként is gyakorolhatja majd. Értékítélete átalakulását mi sem mutatja jobban, mint elnöki palotájának felépítése. A császárokat megszégyenítő palotában több mint ezer szoba áll rendelkezésére. A monumentális ingatlant több száz millió dollárért építette fel.
Törökország válaszúthoz érkezett. Ha koalíciós kormány alakul, visszatérhet a demokráciához. Félő azonban, hogy komoly, az ország sorsát befolyásoló döntések továbbra sem születhetnek meg Erdogan hozzájárulása nélkül.