Bin Laden halálával jelentősen meggyengült az al-Kaida terrorhálózat, hiszen Bin Ladent sosem tudták pótolni hasonlóan karizmatikus személlyel. Hat héttel halála után az egyiptomi Ajman al-Zavahiri, a terrorszervezet addigi második embere vette át az irányítást. Az ő tartózkodási helyéről nincsenek információk. Helyettese, Naszer al-Vuhaisi. A Jemenből származó iszlám szélsőséges a kilencvenes években Bin Laden személyi titkára volt.
Az al-Kaida már a terroristavezér halála előtt szervezeti átalakuláson ment keresztül. Decentralizálttá vált, nagyobb hatalmat kaptak a regionális vezetők. Globális hálózatot hoztak létre, amelyben az egyes sejtek között nincs közvetlen kapcsolat. Az afganisztáni-pakisztáni határvidéken található parancsnoki központtól is függetlenül működnek. Bár ideológiai szempontból továbbra is ez a központ játssza a vezető szerepet, a merényleteket a terrorszervezet helyi ágai szervezik meg, s hajtják végre. Ezek közé tartozik az észak-afrikai, maghrebi al-Kaida, az AQMI, valamint az Arab-félszigeten található kirendeltség, az AQAP.
A terrorszervezet vezetése az eltelt években internetes felhívásaiban olyan merényletekre szólított fel, amelyekhez nem kellenek különösebb előkészületek, hanem „magányos farkasok” is végre tudják hajtani. Ezen elkövetőket a titkosszolgálatok is nehezebben tudják azonosítani. 2013 óta azonban a globális terrorizmusban az Iszlám Állam (IS) vette át a vezető szerepet. Az IS szintén az al-Kaida egyik helyi szervezetéből jött létre.
Azóta véres konkurenciaharc folyik közöttük. 2015 januárjában ugyan az al-Kaida vállalta a felelősséget a párizsi, Charlie Hebdo szerkesztősége elleni terrorakcióért, de az egyik elkövető azt állította, hogy az IS nevében követte el a véres cselekményt. Miközben az IS 2015 novemberében és 2016 áprilisában Párizsban, illetve Brüsszelben csapott le, az al-Kaida maghrebi ága, az AQMI Maliban, Burkina Fasóban és legutóbb Elefántcsontparton hajtott végre vérfürdőt.
