A pályán elért eredmények alapján kiesett a spanyol labdarúgó-bajnokság másodosztályából a 2000-ben még az élvonalban bajnoki aranyérmet ünneplő, a Bajnokok Ligájában szereplő Deportivo La Coruna. A sokkal szebb múltat látott klub nem nyugszik bele a búcsúba és a bíróságon próbálja kiperelni a bennmaradást. Az ok: a Deportivo nem tudta lejátszani a Fuenlabrada csapata elleni bajnokiját, mert az ellenfélnél több futballistának pozitív lett a koronavírus-tesztje, így nem nem sikerült betartani a versenykiírásnak azt a pontját, hogy az utolsó két fordulóban minden mérkőzést azonos időpontban kell megrendezni. Erre hivatkozva a klub azt akarja elérni, hogy ne legyen kieső a szezon végén és a következő idényben a másodosztályú bajnokságot 22 helyett 24 csapattal rendezzék meg.
Egészen más csatákat vívott az 1990-es évektől a Depor, amelynek sikertörténete 1992-ben egy különleges átigazolással kezdődött. Augusto César Lendoiro klubelnök Rio de Janeiróba utazott, hogy a csapathoz csábítsa Bebetót, apró probléma volt, hogy a csatár már szóban megegyezett a Borussia Dortmunddal. Lendoirót ez nem rettentette el, azt mondta a játékosnak, hogy Dortmundban télen nagyon hideg van, dél-amerikai emberek számára elviselhetetlen a hőmérséklet. Ez az érv hatott, Bebeto felesége kijelentette, nincs az a pénz, amennyiért ő Németországba költözne. Arról hallgatott Lendoiro, hogy A Coruna Spanyolország legszelesebb, leghűvösebb és legesősebb városa. A brazil válogatottal két évvel később világbajnoki címet nyerő klasszis első spanyolországi idényében gólkirály lett. Egy évvel később két perc választotta el az aranyéremtől a csapatot: az utolsó fordulóban a hajrában tizenegyest kapott az együttes, amit Miroslav Dukic kihagyott, ezzel egy időben a Barcelona nyert, a két csapat azonos pontszámmal zárt, ám a katalánoknak jobb volt a gólkülönbségük és ez döntött.
A következő években a csapat rendszeresen a bajnokság élmezőnyében végzett, többek között azért, mert bátran igazolt brazil labdarúgókat, ami akkoriban még nem volt divat Európában. Bebetón kívül a Deportivo La Coruna volt az első európai klubja egy másik világklasszisnak, Rivaldónak is.
„Gyorsabbak és bátrabbak voltunk a riválisoknál, tehetséges, de még nem sztárfutballistákat próbáltunk megszerezni, akiknek a rendszeres európai kupaszerepléseinknek köszönhetően kimagaslóan magas fizetéseket tudtunk adni – emlékezett erre az időszakra Ricardo Moar, aki a sikerkorszakban sportigazgató volt a klubnál. - Az átigazolási szezont ezekben az években szinte végig Brazíliában töltöttem, ekkor a legtöbb európai klub még tartott egy kicsit a dél-amerikaiak szerződtetésétől, az eltérő mentalitás miatt, ezért nem volt nehéz dolgunk megállapodni a játékosokkal, akik nagyon szerettek volna Európába jönni.”
A 2000-es bajnoki címet – ami a klub történetének egyetlen élvonalbeli aranyérme -azonban nem a braziloknak, hanem Roy Makaaynak köszönhette a Depor: az akkor 24 éves holland játékost a szezon előtt sikerült megszerezni a Tenerifétől, a támadó kis túlzással minden tétmeccsen betalált, amelyen pályára lépett. Három évig volt az együttes játékosa, 2003-ban tavasszal a Deportivo La Coruna a Bajnokok Ligájában Makaay vezérletével búcsúztatta a Bayern Münchent, a holland pár hónappal később már a bajorok futballistája volt.
„Nem volt ezzel semmi gond, ezeket a játékosokat kedvező áron szereztük meg és többszörös haszonnal adtuk el, közben pedig a teljesítményüknek köszönhetően az európai porondon szerepeltünk, ami biztosította számunkra a további működéshez szükséges bevételeket” – emelte ki Moar.
A gondok a 2005/2006-os szezonban kezdődtek, amikor a távozó meghatározó embereket nem sikerült ugyanolyan erősségű játékosokkal pótolni. A csapat a nyolcadik helyen zárt a bajnokságban, ami nem volt elég a nemzetközi szerepléshez, emiatt kevesebb pénz állt rendelkezésre a játékosok fizetésére, így a keret is tovább gyengült. Egy évvel később az utolsó fordulóban sikerült kiharcolni a bennmaradást az élvonalban. A keret folyamatosan gyengült és 2011-ben a Deportivo kiesett a második vonalba, ahonnan azóta sem sikerült visszakapaszkodnia, jelenleg pedig azért harcol a bíróságon, hogy ne zuhanjon még lejjebb.