Húsz év múltán sem kaphatunk egyértelmű választ arra, valóban Irán és a Hezbollah rendelte-e meg a merényletet. Gyanús jelek bőven akadnak, de kézzel fogható bizonyítékot nem tudtak felmutatni az argentin hatóságok. 1994. július 18-án 275 kilogramm olajjal kevert ammónium nitrát robbanóanyagot rejtettek el egy Renault Traffic gépkocsiban, amely közvetlenül az AMIA épülete előtt robbant fel.
A detonáció erejét mutatja, hogy a székház a földdel vált egyenlővé. A merénylővel együtt 86 személy vesztette életét és háromszáznál is többen megsérültek. Argentínában pánik tört ki. Lezárták a határokat. A kormányzat attól félt, hogy további terroristák szivárognak majd az ország területére.
A merényletet követően a Moszad ügynökei is a dél-amerikai államba utaztak, hogy a nyomozást segítsék. Az izraeli rendőrség egyéb szakértőket, köztük törvényszéki orvosszakértőket is Buenos Airesbe küldtek, hogy segítsék az áldozatok azonosítását.
Az argentin fővárosban nem ez volt az első zsidó létesítménnyel szembeni terrorakció. 1992. március 17-én Izrael Buenos Aires-i nagykövetsége ellen hajtottak végre pokolgépes merényletet, amelyben 29-en vesztették életüket, s 242-en sérültek meg. Az akkori akcióért az Iszlám Dzsihád vállalta a felelősséget. Egy nappal az AMIA elleni terrorakció után felrobbantottak egy panamai gépet, a fedélzeten lévő 21 utasból 12 volt zsidó származású.
A nyomozás során nem találtak összefüggést a robbantásos akciók között. Ezzel azonban nem ért véget a merényletsorozat. Nyolc nappal a Buenos Aires-i terrorakció után Londonban az izraeli nagykövetség, órákkal később pedig a zsidó közösség központja előtt robbant bomba. Senki sem halt meg, de 22-en megsérültek.
Izraeli diplomáciai közvetítéssel került napvilágra az argentin titkosszolgálatnak a Buenos Aires-it merényletről készült dokumentuma. Eszerint az akciót a libanoni síita radikális Hezbollah egy 29 éves tagja, Ibrahim Husszein Berro hajtotta végre, akit "mártíromságáért" posztumusz ki is tüntettek Libanonban. A terrorista Amerikában élő testvére állítólag megerősítette, hogy Berro a síita szélsőségesek bűnkörébe került.
Bizonyíték azonban Berro bűnösségére sincs. Az argentin hatóságok ugyanis amatőr módszerekkel dolgoztak, még DNS-vizsgálatot sem végeztek. Mint a BBC tudósítója egy ízben megjegyezte, a rendőrség gyorsan fel akart mutatni egy tettest, hogy pontot tehessen a nyomozás végére. Később Juan José Galeano szövetségi bíró vette kezébe az ügyet.
Elrendelte Carlos Telleldín letartóztatását, aki a gépkocsit biztosította a terrorakció végrehajtásához. Galeano elfogatóparancsot adott ki 12 iránival, köztük Hade Szoleimanpurral szemben, aki a terrorcselekmény idején Irán Argentínába akkreditált nagyköveteként szolgált. A férfit 2003, augusztus 21-én, Nagy-Britanniában tartóztatták le. Később azonban elengedték, mert még arra sem volt elegendő bizonyíték, hogy megkezdhessék Argentínának való kiadatási eljárását.
Galeani bíró kikérdezte az úgynevezett C tanút, Abdolhaszem Meszbahit is, aki állítólag az iráni titkosszolgálatnak dolgozott. Vallomása megdöbbentő adattal szolgált. Irán állítása szerint 10 millió dollárt fizetett Carlos Menem akkori argentin elnöknek, hogy gördítsen akadályokat a nyomozás elé. Menem mindent tagadott, azt azonban kénytelen volt elismerni, hogy titkos svájci bankszámlával rendelkezett.
Neki is megvolt a maga elmélete a merényletről, szerinte azért volt épp az argentin főváros a célpont, mert hazája segítette az Egyesült Államokat az első öbölháborúban. Abdolhaszem Meszbahi azt is közölte, Teherán abból indult ki, hogy a segélyegylet Buenos Aires-i épülete valójában a Moszad központja.
Bár az argentin vizsgálóbíró határozottan lépett fel, eredményt ő sem tudott felmutatni. 2004. szeptember 2-án minden gyanúsítottat szabadon kellett engednie. Bizonyítékot egyikük ellen sem találtak. 2005-ben aztán egy korrupciós ügy miatt Galeanót is menesztették.