A kubai kisgyerek azonban csakhamar politikai csatározások középpontjába került. Az amerikai hatóságok megtalálták a kisfiú rokonait Miamiban, s ők készek voltak befogadni a gyereket. Csakhogy Elián édesapja nem volt a hajón, hanem ő Kubában maradt, és visszakövetelte fiát. Washington és Havanna hosszú ideig hadakozott a gyerekért, így került Elián a világlapok címoldalaira. A fiú apjának menedékjogot kínáltak, ő azonban nem élt – nyilván nem is élhetett – a lehetőséggel. Elián pedig hiába nyilatkozta az amerikai médiának, hogy inkább maradna, a rokonok hiába pereltek, 2000-ben végül haza kellett térnie Kubába, ahol maga Fidel Castro államfő vette pártfogásába, mostanság pedig a volt pártvezető öccse, Raúl Castro köszönti a születésnapján.
A kubai-amerikai viszony enyhülése kapcsán az ABC televízió interjút készített a már 21 éves Elián Gonzálezzel, aki köszönetet mondott a sok szeretetért, amit amerikai tartózkodása idején kapott. Elián úgy nyilatkozott: visszatérne az Egyesült Államokba, de csak turistaként.