Seehofer pénteken nyíltan konfrontálódott a CSU kongresszusán Angela Merkellel a kancellár menekültpolitikája miatt. A CSU elnöke tegnap megvédte akkori fellépését. A Bild am Sonntagban elmondta, nem Merkel beszédétől, „hanem az üzenete miatt” volt csalódott, mivel egy olyan mondat sem hangzott el tőle, „amely a CSU pozíciójának megfelelt volna” – hangoztatta. Hozzátette, nem szakított Merkellel. Szerinte néhány kérdéstől eltekintve „továbbra is jól együtt tudnak működni egymással”.
Hasonlóképpen nyilatkozott Andreas Scheuer a Bild am Sonntagban. Úgy foglalt állást, hogy a különböző vélemények ellenére az uniópártok továbbra is „erős közösséget alkotnak”. Németországban nagy visszhangja volt annak, hogy Seehofer Merkel asszonynak a CSU küldöttei előtt elmondott beszéde után azt közölte, felső határban kellene meghatározni, hány menekült teheti a lábát Németország területére Ezzel, nyíltan szembement a kancellár menekültpolitikájával. Bár Seehofer népszerűsége nőtt a menekültekkel szembeni keményebb álláspontja miatt, a CSU-n belül sokaknak nem tetszett a kancellárral szembeni fellépése.