Kiss Ernőt tavaly jogerősen négy és fél év börtönre ítélte a bíróság vesztegetést állítva elkövetett befolyással üzérkedés miatt. Az másodfokú ítélet szerint Kiss Ernő közvetítőként tüntette fel magát egy olyan ügyben, amelyben pénzt kértek Kocsis Istvántól, a Magyar Villamos Művek (MVM) volt vezérigazgatójától, hogy az ellene indult büntetőeljárás számára kedvező fordulatot vegyen. A vesztegetési pénz részeként 2011-ben átvett 120 ezer eurót Szász Andrástól, Kocsis István volt főtanácsadójától. Kiss erről azt állította, nem vesztegetési pénzt vett át, hanem szaktanácsadói díjat. A történet lényege nem derült ki, azonban tény, hogy Kocsist felmentették, sokak szerint Kiss munkája nyomán.
A tábornok működése során számos alkalommal került a sajtó célkeresztjébe, különös viselkedése révén. A KBI vezetőjeként emlékezetes módon vizelésen kapták az ORFK székházánál, amit menedzsertabletták okozta ingerrel magyarázott. Ezt követően 1998-ban leváltották. Később volt Pintér Sándor belügyminiszter tanácsadója is.
Okozott több balesetet is. Az egyik esetben, 2007-ben a XIII. kerület kapitányaként ittasan ütközött szolgálati autójával, több járművet is összetörve. Akkor azt állította, nem ő, hanem alteregója követhette el a cselekményt. Egy másik esetben részegen alva találták autójában Csepelen, máskor pedig hiányos ruházatban, mámorosan, kifosztva egy villamosmegállóban a XIII. kerületben. Az ügyek kapcsán megfosztották a tábornoki rendfokozat viselésétől.
Kiss Ernőt életmódja ellenére kiváló elemző, szintetizáló szakembernek, jó vizsgálónak, és széles körű, mély szakmai, politikai kapcsolatrendszerű zsarunak tartották kollégái, aki – szakmailag - vitathatatlan tekintélynek örvendett.
A volt dandártábornok felülvizsgálati kérelmet nyújtott be a Kúriához, egyben kérvényezte, hogy az ügy lezárásáig ne kelljen bevonulnia a börtönbe. Ezt a kérelmét szerdán, a halála előtti napon utasították el.
