Mairt nem sokkal azután vették őrizetbe, hogy csütörtökön három lövéssel és több késszúrással meggyilkolta az ellenzéki Munkáspárt 41 éves alsóházi képviselőnőjét, Jo Coxot, aki éppen választókerületi fogadóórájáról jött ki Leeds egyik elővárosa, Birstall könyvtárából.
A tettes ellen szombaton emeltek vádat gyilkosság, súlyos testi sértés és tűzfegyver engedély nélküli birtoklása címén, és bíróság elé is állították. Amikor az eljáró bíró a nevét kérdezte, azt kiáltotta, hogy "halál az árulókra, szabadságot Nagy-Britanniának". A vádlott később sem volt hajlandó megnevezni magát, és nem válaszolt a lakhelyére és a születési dátumára vonatkozó kérdésekre sem.
A magisztrátusi bíróság elrendelte Mair őrizetben tartását, és az ügyet a londoni központi büntetőbíróság - közkeletű nevén az Old Bailey - elé utalta, ahol hétfőre kitűzték az első tárgyalási napot. A rendőrség még Mair szombati bírósági megjelenése előtt közölte: az egyik elsődleges nyomozati szál annak felderítése, hogy Thomas Mairnek voltak-e szélsőjobboldali politikai kapcsolatai.
A BBC értesülései szerint a nyomozók Mair lakásában náci jelképeket találtak. A legnagyobb példányszámú brit bulvárlap, a The Sun szombaton azt írta, hogy a férfi legalább 17 éve "a náci ideológia megszállottja". A lap forrásai szerint 1999 óta állt kapcsolatban egy amerikai újnáci csoporttal, amely robbanószerkezetek és fegyverek készítéséhez, kezeléséhez szükséges útmutató kézikönyveket küldött neki. A Skóciában született Thomas Mair neve megtalálható egy apartheidpárti dél-afrikai kiadvány, az S.A. Patriot előfizetőinek listáján is.
A rendőrség ugyanakkor továbbra sem erősítette meg szemtanúk azon beszámolóit, hogy Mair a "Britain first" - Nagy-Britannia mindenekelőtt - szavakat kiabálta volna, amikor rátámadt Jo Coxra. A munkáspárti képviselőnő a brit EU-tagság fenntartását pártoló kampánycsoport egyik legaktívabb tagja volt, emellett kampányolt a szíriai menekültek befogadásáért is.
Britain First néven létezik Nagy-Britanniában egy radikálisan EU-ellenes, bevándorlás-ellenes és muszlimellenes csoport, amely azonban a gyilkosság után videóüzenetben közölte, hogy soha semmiféle kapcsolatban nem állt Thomas Mairrel, és éles hangú nyilatkozatban ítélte el Jo Cox meggyilkolását.
Szombaton sem volt népszavazási kampányrendezvény Nagy-Britanniában, miután a politikai pártok a merénylet után közös kezdeményessel felfüggesztették a brit EU-tagságról jövő csütörtökre kiírt referendum kampányát. A másik fő vizsgálati irány a vádlott elmeállapotának feltérképezése. A londoni magisztrátusi bíróság eljáró bírója szombaton elrendelte, hogy Mairt pszichiátriai szakértők vizsgálják meg. A vádlott öccse, Scott Mair a brit sajtónak elmondta, hogy testvére mentális problémákkal küszködött, de kapott orvosi kezelést. A The Sun szombati értesülése szerint Thomas Mair szerdán bejelentkezett lakóhelye lelki terápiás központjánál, és kapott is időpontot csütörtökre, a gyilkosság elkövetésének napjára, ám a rendelésen nem jelent meg.
