A megállapodás tető alá hozásáért Juan Manuel Santos kolumbiai elnököt Nobel-békedíjjal tüntették ki, annak ellenére, hogy a díj odaítélése előtt néhány nappal, október 2-án a kolumbiai választók szűk többséggel népszavazáson elutasították a megállapodást.
Az ellenzéki pártok által is hangoztatott fő kifogás az volt, hogy a kormányzat túl elnéző feltételekben állapodott meg a gerillaszervezettel: a FARC vezetőire nem szabnak ki börtönbüntetést, s a szervezet néhány garantált mandátumot is kap a törvényhozásban. A referendum kudarca nyomán azonban új tárgyalásokat kellett kezdeni. A 297 oldalas dokumentum 65 százalékát módosították, több mint 500 módosító indítványt fogadtak el, s a FARC vezetői jelentős engedményeket tettek. Felállítanak például egy különleges bíróságot az elkövetett háborús bűnök kivizsgálására, de a korábbiakkal ellentétben e testületnek nem lesznek külföldi tagjai. A FARC emellett vállalta, hogy leltárba veszik minden vagyontárgyukat, s ebből kártalanítják a polgárháború áldozatait. A gerilláknak számot kell adniuk arról is, milyen szerepet játszottak a drogcsempészetben.
A változtatások ellenére nem kizárt, hogy az ellenzék elutasítja a megállapodást a jövő hétre tervezett parlamenti szavazáson. A békeegyezményről mindenesetre nem írnak ki újabb népszavazást.