Amikor 2005-ben újra indult az elnökválasztáson, alulmaradt Mahmúd Ahmadinezsáddal szemben. Rafszandzsánit Irán legfőbb vallási vezetője, Khomeini ajatollah jobbkezének tartották, pragmatikus konzervatív politikus volt, aki fontosnak tartotta a kapcsolatok javítását a Nyugattal. 2005-ös vereségét követően Ahmadinezsád bírálói közé tartozott, 2009-ben a reformistákat támogatta, de a keményvonalas Ahmadinezsád másodszorra is győzni tudott. Az alkotmányos pártok nagyobb szerepvállalását, a gazdasági liberalizációt a politikai foglyok szabadon bocsátását szorgalmazta.
Az elmúlt években az Őrök Tanácsa és a parlament közötti vitákban közvetítő tanács elnöke volt, de már nem gyakorolt számottevő befolyást. Ez a 12 tagú tanács zárta ki az elnökválasztási indulók közül 2013-ban, amikor a reformista erők képviseletében akart harcba szállni. Rafszandzsani végül a győztes Hasszán Rohani mögött sorakozott fel, aki a mérséklet és az óvatosság jelszavával indult a keményvonalasokkal szemben.
Rafszandzsani halála nehezíti Rohani helyzetét a közelgő elnökválasztás előtt. A volt államfőt egy teheráni kórházban hiába próbálták újraéleszteni, Rohani elnök meglátogatta. A politikushoz a rendőrség odakísérte korrupciós vádak miatt börtönben ülő fiát.