Még korábban Hafiz Szajed Khan állt az Afganisztánban is terjeszkedő dzsihadista csoport élén, őt dróntámadásban ölték meg 2016 júliusában. Az IS 2015-ben terjesztette ki tevékenységét Afganisztánra, de nem tudott olyan jelentős területeket ellenőrzés alá vonni, mint Irakban és Szíriában, elsősorban Kunar és Nangahar tartományokban aktív. A Pentagon két éve 2500-ra becsülte az Afganisztánban tevékenykedő dzsihadisták számát, jelenleg legfeljebb ezren lehetnek. Az IS a tálibokkal is háborúskodásban áll.