Az Esterházy Magánalapítvány 2016-ban indított tulajdonvédelmi pert a magyar állammal, az Eszterháza Kulturális, Kutató- és Fesztiválközpont Közhasznú Nonprofit Kft.-vel, valamint az Iparművészeti Múzeummal szemben, miután kiderült, a múzeumi szakma egy részének tiltakozása ellenére az Iparművészeti Múzeumban őrzött Esterházy-kincsek egy részét a fertődi kastélyba szállítják, amelyet az Eszterháza Központ működtet. A mintegy három és fél évig tartó jogi procedúra műtárgyelhelyezési perként indult, tulajdonjogi perré változott: a magánalapítvány azt szerette volna, hogy a Fertődre vitt kincseket szállítsák vissza – a felújításra váró – Iparművészetibe, valamint azt kívánta bizonyítani: a mintegy négyszáz, Magyarországra került műtárgy az egykori hercegi hitbizomány részeként továbbra is a fraknói vár tartozékai. A vár pedig a magánalapítvány tulajdona, azaz van jogalapja perelni. Az osztrák sajtó 100 millió euróra becsülte a perértéket.
Pákozdi Zoltán bíró ítéletét úgy indokolta: a magánalapítványnak nem sikerült hitelt érdemlően bizonyítania, hogy a perben érintett műkincsek valóban a fraknói vár szerves tartozékai lennének. „A korabeli jogtörténeti dokumentumok, a ma is hatályban lévő korábbi bírósági határozatok, valamint a korabeli jogszabályok épp azt bizonyították, hogy ezek a műkincsek nem képezték a fraknói várat is magába foglaló osztrák Esterházy-hitbizomány vagyonát. Azok magyarországi kötődése vitathatatlan.” – Az ítélet ellen a magánalapítvány feltehetően fellebbezni fog.
Az Esterházy-kincsek nagy részét a Tanácsköztársaság idején hurcolták Budapestre, köztulajdonba vették, majd visszaszolgáltatták. 1920-ban, amikor a trianoni döntés után osztrák fennhatóság alá került Fraknó, IV. Esterházy Miklós letéti szerződést kötött a kincsekre az Iparművészeti Múzeummal, amit örököse, Esterházy Pál 1923-ban megújított. Az alperesek a per végső szakaszában azzal kívánták bizonyítani, hogy az Esterházy-hitbizomány két részre szakadt – így a magyarországi Esterházy-kincsek már nem fraknói kincsek –, hogy az 1930-as években majdnem egy időben két hitbizományi leltár született: egy osztrák, és egy magyar, amelyek különbözőek. Magyarországon 1936-37-ben törvényi kötelezettség volt leltárba venni a hitbizományi kötöttség alatt maradó ingóságokat, így az „ékszereket és drágaságokat” is – ez az Esterházy-hitbizományi leltár felsorolja az Iparművészeti Múzeumban letétbe helyezett műtárgyakat is.
Ausztriában hasonló jogszabály az Anschluss után született. Az Esterházy-hitbizomány ausztriai részéről – így a Fraknóban maradt kincsekről is – 1938-ban készült leltár, a dokumentumon korabeli illetékbélyeg, illetve Esterházy Pál saját kezű aláírása található. E leltár részletesen felsorolja a fraknói vár tartozékait, de nem tesz említést a magyarországi műkincsekről. Ugyanakkor megjegyzi: az ehemalige Schatzkammer (azaz az egykori kincsestár) fegyvergyűjteményének egy része egy bécsi múzeumban látható. Az alperesek szerint, ha az Iparművészetiben őrzött műtárgyakat Esterházy Pál a fraknói vár tartozékának tartotta volna, ez utóbbi dokumentum a fegyvergyűjteményhez hasonlóan említést tett volna azokról. A magánalapítvány megkérdőjelezte a dokumentum hitelességét, a Fővárosi Törvényszék viszont elfogadta.
Esterházy Pál Budapest ostroma előtt 1944 decemberében az Iparművészeti Múzeumból elszállíttatta, a budai várban lévő palotájának – általa biztonságosnak hitt – pincéjébe a kincseket. A magánalapítvány szerint ezzel nem szűnt meg a letéti szerződés, Pákozdi Zoltán bíró viszont az alperesek ezzel ellentétes érvelését fogadta el. És kommentár nélkül megállapította: az 1947-es hitbizományok megszüntetéséről szóló törvénnyel a kincsek a magyar állam tulajdonába kerültek.
A Fertődre került, mintegy tízmilliárd forintra biztosított kincseket jelenleg egy műtárgyak tárolására alkalmas trezorban tárolják, csak a fertődi kastély felújításának befejezése után fogják a nagyközönségnek bemutatni.