A Szentszék döntése értelmében Molnár Antalt öt évre nevezték ki a pápai bizottság tagjává. A testület elődjét, a Történettanulmányok Bíborosi Bizottságát még XIII. Leó hívta életre 1883. augusztus 8-án, a vatikáni titkos archívum első megnyitásakor. Akkor három tagja volt, Joseph Hergenröther, vatikáni archívum prefektusa, Antoni De Luca alkancellár, valamint Jean-Baptiste Pitra, könyvtáros személyében. A Pápai Történettudományi Bizottságot XII. Piusz hozta létre 1954. április 7-én. A pápa célja az volt, hogy az archívum hatalmas örökségét a történelemtudomány is felhasználhassa. A testület jelenlegi elnöke a francia Bernard Ardura OPraem. Molnár Antal a testület első magyar tagja ugyan, de ez természetesen nem jelenti azt, hogy magyar történész eddig ne kutatott volna az archívumban. A bizottság munkájában túlnyomórészt olasz történészek vesznek részt, Közép-Európából csak egy lengyelt és egy szlovákot találhatunk a magyar történészen kívül.
A testület közvetve a pápa fennhatósága alatt áll, és koordinálja az egyházi, vatikáni történeti kutatásokat.
A magyar történész éppen azután kezdheti meg a munkát, hogy Ferenc pápa megnyitotta a II. világháborúban betöltött kétes szerepe miatt vitatott XII. Piusz pápasága alatt született levéltári iratokat.
A Szentszék archívumát évszázadokon át „megközelíthetetlen szentélynek” nevezték, hiszen el volt zárva a külvilágtól. Később azonban a Vatikán is felismerte, a történelemtudománnyal szemben sem teheti meg azt, hogy az archívum titkait örökre hét lakat alatt őrizzék. A kúriában évszázadokon át sokan attól tartottak, hogy a protestánsok visszaélhetnek a dokumentációval.
A változásokban fontos szerepet játszott, hogy XIII. Leó pápa 1879-ben Josef Hergenröther bíborost bízta meg az archívum irányításával, aki úgy vélte, a nyitásnak nincs alternatívája, így a párját ritkító dokumentumgyűjteményt 1883-ban tették elérhetővé a kutatók számára. Leó pápa úgy vélte, a katolikus egyháznak javára válhat a döntés. „Menjenek a forrásokhoz. Ezért nyitottam meg az archívumot önök számára. Nem félünk attól, hogy dokumentumokat közölnek belőlük” – indokolt.
Ezután történészek, kutatók sora igyekezett az örök városba, hogy megismerjék azt, milyen kincseket őriznek a Szentszék titkos archívumában. Sok kutató azonban csalódottan hagyta el a Vatikánt. Nagy titokra csak ritkán bukkantak.
Az első magyar, aki átfogó kutatásokat végezhetett az archívumban, Fraknói Vilmos váradi kanonok volt, aki a nyitást követő közel két évtizedet töltött el az itteni munkával. Elsősorban a Vatikán és Magyarország közötti kapcsolatok alakulásáról gyűjtött anyagokat.
A vatikáni archívumban való kutakodás különleges élményt jelentett a történészek számára. Kollányi Ferenc: A vatikáni levéltár című 1893-ban megjelent írásában részletesen számolt be az ott szerzett tapasztalatairól. Mint írta, „a történetírás e megnevezhetetlen értékű kincsesbányája nem olyasmi, amit az emberi kíváncsiság néhány hó, vagy akár néhány év alatt is keresztül bújhat, kiismerhet… Azt hiszem, még az alapos szakképzettségnek is sok, sok idő kell ahhoz, hogy itt a rengeteg mennyiségű, különböző válfajú okirat közt magának tájékozást szerezzen, az egész felett áttekintést nyerjen, s az egyes részeket helyesen tudja osztályozni.” - állapította meg a szerző.
A magyarok 1880-as évekbeli kutatásainak köszönhetően egy sor mű született. Így például a magyar püspöki kar által kiadott vatikáni magyar okirattár (Monumenta Vaticana), vagy a veszprémi püspökség római oklevéltárának három kötete. Fraknói a nunciusi iratok közül értékes anyagot közölt Zrínyi Miklós működéséről.
A francia kiadványok közül különösen jelentős az a hatalmas kötetsorozat, amely a XlII., illetve XIV. századi pápai regesztákat foglalja magában. A porosz intézet főleg a nunciusi jelentésekkel foglalkozott, majd ezeket adta ki. Ezekből a kötetekből a magyar történelemre vonatkozó utalások is találhatóak.
A pápai levéltár dokumentumait manapság külön termekben őrzik. A Vatikánban több levéltár létezik, az egyes hivataloknak is vannak sajátjai, a legismertebb talán a Vatikáni Államtitkárság külügyi levéltára.
Az archívum a vatikáni múzeum udvara alatt húzódik. A klimatizált intézmény ötezer négyzetméteren terül el, két emeleten rejtőznek az anyagok. A vatikáni archívum évente kiadott fondjegyzéke („Indice dei Fondi e relativi mezzi di descrizione e di ricercadell'Archivio Segreto Vaticano”) betekintést enged ebbe a hatalmas, az egész világot érintő anyagba. A gyűjteményben megtaláljuk a pápai diplomáciai képviseletek (apostoli nunciatúrák, internunciatúrák és delegatúrák) anyagát. Ezek közül magyar szempontból kiemelkednek a bécsi, illetve 1920 után a budapesti nunciatúra fondjai. A Levéltárban lelhető fel az Egyházi Állammal egykor szoros kapcsolatban álló jó néhány nemes család archívuma is.
Ahogy másutt, úgy itt is van kutatási korlátozási idő. Míg Magyarországon a levéltári törvény szerint a közlevéltárak esetében általában véve a levéltári anyag keletkezését követő, illetve az érintett halálozási évétől számított harminc év után válik egy anyag kutathatóvá, addig Vatikánváros Állam esetében ez az idő valamivel hosszabb, és a kutathatóság korlátja hagyományosan egy-egy pápa pontifikátusának az idejével esik egybe – írta egyik elemzésében a Magyar Kurir.
Manapság ki kutathat? Formális írásos engedély szükséges hozzá. A kutatás egy bizonyos dokumentumra vagy témakörre vonatkozhat, s a kutatónak tudnia kell, hogy az adott irat valóban létezik-e. Csak kutatókat engednek be. A Vatikán közlése szerint évente 1000-1500-an kutathatják a levéltári iratokat. A több mint ezer év óta gyűjtött irattár 85 kilométernyi anyagot, körülbelül 35 ezer kötetet tartalmaz. Az archívum honlapjáról (http://asv.vatican.va) több dokumentum, így a Galilei-per részletei is letölthetőek. A legrégebbi dokumentum a VIII. századból származik.
A levéltár digitalizálása is zajlik, amely jelenleg 180 terabájt adatot tartalmaz. 2018-ban hétmillió képet digitalizáltak. Ez azonban a teljes anyagnak csak egy töredéke.
A nyitás kronológiája
- 1924-től XVI. Gergely pápasága (1846) alatt született dokumentumokat lehetett vizsgálni
- 1966-ban IX. Piusz (1846-1878) pápaságának anyagait nyitották meg
- 1978-tól XIII. Leó pontifikátusának dokumentumai váltak elérhetővé
- 1985-től X. Piusz és XV. Benedek (1914-1922) pápaságának levéltári anyagait értékelhették ki
- A Hittani Kongregáció 1991-ben hozott döntést az archívum általa őrzött dokumentumainak fokozatos és ellenőrzés mellett történő megnyitásáról. Egyetlen kutatási kritérium az volt, hogy az illető diplomás szakember legyen akadémiai vagy egyházi tekintély által kiállított ajánlólevél birtokában, s igazolja, hogy milyen egyetemen vagy felsőoktatási intézményben folytat tudományos tevékenységet.
- 1998-ban azon korábban indexre tett dokumentumok vizsgálatát tette lehetővé a kongregáció, amelyek a hitvitákat, az álmisztikát, az újkori lelki mozgalmakat és a felvilágosodás vitatott tételeit tartalmazzák. Az engedély azonban akkor az 1903 előtti dokumentumokra vonatkozott.
- 2003-tól II. János Pál a vatikáni államtitkárság dokumentumainak egy részét tette elérhetővé, ami azért volt fontos, mert sok a Vatikán és Németország kapcsolatait érintő írás vált kutathatóvá XI. Piusz (1922-1939) pápaságának idejéből.
- 2006 szeptemberében XVI. Benedek pápa megnyitotta a teljes, XI. Piusz pápaságát érintő iratanyagot. Ez magyar szempontból is fontos volt, hiszen ebben az iratcsoportban találhatjuk meg a budapesti nunciatúra iratait is.
- A vatikáni archívum kincseiből kiállítást is szerveztek, először 1981-en. Ennél azonban az archívum sokkal több anyagát ismerhették meg az érdeklődők a levéltár megalapításának 400. évfordulóján: 2012-ben Rómában a Capitoliumi múzeumban rendezték a Lux in Arcana, azaz „Fény a rejtekben” című kiállítást. Ezerkétszáz év száz olyan dokumentumát ismerhették meg a látogatók, melyeket először és feltehetőleg utoljára hagyták el az archívumot.
- 2019 márciusában Ferenc pápa március elején bejelentette, lehetővé teszik a történészek számára a XII. Piusz pápasága alatt született (1939-1958) dokumentumok kutatását
