A magyar kormány antidemokratikus intézkedései: hiába vélekedik a magyar kormányhoz hasonlóan bizonyos kérdésekről, ez nem jelenti azt, hogy szemet hunyna Orbánék demokráciaellenes intézkedései felett. Tavaly áprilisban, a Westdeutsche Allgemeine Zeitungnak adott interjújában úgy foglalt állást, már a magyar parlament által elfogadott felhatalmazási törvény elfogadása előtt nagy szkepszissel figyelte a budapesti kabinet ténykedését. 2019 májusában keményen bírálta az Orbán-kormányt, miután a magyar miniszterelnök bejelentette, nem támogatja tovább a néppárti Manfred Webert az Európai Bizottság elnöki tisztségére. Akkor kijelentette, a Fidesznek távoznia kell az Európai Néppártból.
Menekültpolitika: A Magyarországon tartózkodó menedékkérők 2015-ös németországi befogadásáról szóló vitában úgy fogalmazott, „nagyszerű humanitárius gesztus volt” Németország részéről, hogy behívta ezeket a menekülteket, ennek azonban „egyszeri kivételnek” kellett volna maradnia.
A Leitkultur kérdése: Az ezzel kapcsolatos vita 2000 októberében terebélyesedett politikai üggyé. Merz a Die Weltben írt cikkében úgy vélte, a Leitkultur azt jelenti, hogy a viselkedési mércét az ország valamennyi polgárának, tehát a külföldi gyökerekkel rendelkezőknek is kötelező követniük. Kifejtette, évente legfeljebb 200 ezer külföldi letelepedését lenne szabad engedélyezni, mert ennél többet nem tud integrálni a német társadalom. A koncepció meglehetősen ellentmondásos, hiszen lényegében azt jelenti, hogy az állam előírja polgárai számára, hogyan viselkedjenek függetlenül attól, milyen kultúrkörből érkeztek. Merkel első kancellársága idején sem tartotta sokra Merz konzervatív elképzeléseit a befogadásról. „Én például rajongok a kebabért és a pizzáért és úgy hiszem, az olaszoknak fejlettebb a kávéivással kapcsolatos kultúrája” – mondta némi iróniával.
Európa-politika: Szerinte Németországnak többet kell tennie az Európai Unióért. Ha Európa megbukna, az a németek érintené leginkább. 2018-ban aláírta „Szolidáris Európáért” kiáltványt. A felhívás egyebek mellett közös európai hadseregre, az Európai Parlament megerősítésére szólít fel, emellett az egoista politika és azok ellen, akik az európai szolidaritást és az egységet veszélyeztetik. Az EU-ról alkotott véleménye tehát gyökeresen eltér a magyar kormányétól.
Kötelező katonai szolgálat: Merz ennek eltörlése mellett szállt síkra.
A homoszexualitásról: 2001 decemberébe a Bild napilap feltette Merznek a kérdést, mit szól ahhoz, hogy Klaus Wowereit személyében nyíltan meleg politikus irányítja a német fővárost. Mire ezt mondta: „Amíg nem közeledik hozzám, addig ez nem érdekel!”. 2020 szeptemberében pedig a Bild lapnak arra a kérdésére, normálisnak tartaná-e, hogy meleg politikus legyen a szövetégi kancellár, ezt mondta: „A szexuális irányultság nem tartozik a nyilvánosságra. Mindaddig, amíg ez a törvény keretein belül marad, és amíg nem érinti a gyerekeket, ez nem nyilvános vita tárgya.”
Jobboldali radikalizmus: Merz a 2020-as hanaui rasszista támadás után egy interjújával bírálatokat váltott ki, mert a határellenőrzés megerősítéséről beszélt. Ugyanakkor helyesnek tartotta, hogy a CDU nem működik együtt az Alternatíva Németországért (AfD) párttal. Nagyon világos és éles elhatárolódást kell tenni a politikai szélsőségektől – jelentette ki.
Családpolitika: 1995-ben azon törvény ellen szavazott, amely a szövetségi alkotmánybíróság döntése nyomán liberalizálta az abortuszhoz való jogot.
Környezetvédelem: 2010 augusztusában aláírta azt a memorandumot, amely szerint meg kell hosszabbítani a német atomerőművek üzemidejét. 2011 júniusában figyelmeztetett a túl gyors energiaátállásra és az ezzel járó emelkedő áramárakra. 2018-ban Merz már helyes lépésnek nevezte az atomenergia kivezetését, ugyanakkor úgy vélte, hogy elhamarkodottan hajtották végre. 2020-ban a klímapolitikát az „első számú politikai kérdésnek” nevezte, de az Európai Unió klímaelképzeléseit túlzónak tartotta. A 2021-es árvízkatasztrófa után a klímavédelemmel kapcsolatban azt mondta, hogy „az Unió már sokat tett”, és „árvizek mindig lesznek, még akkor is, ha azonnal átvennénk a Fridays for Future elképzeléseit”. A környezetvédelmi szervezeteket a demokrácia és a piacgazdaság ellenzőinek nevezte.
