A kerekesszékben lévő Ferenc pápa mondta a szentbeszédet XVI. Benedek gyászszertartásán. A misét ugyanakkor az egyházfő térdproblémái miatt Giovanni Battista Re, a Bíborosi Kollégium dékánja tartotta. Ferenc homíliájában így fogalmazott: "egyházi közösségként az ő nyomaiban akarunk járni, és az Atya kezeibe ajánljuk testvérünket: hogy irgalmas kezei találják égve az evangélium olajával telt lámpását, amelyet szétosztott és tanúsított élete során”. Hozzátette, „ahogyan az evangéliumi asszonyok, mi is úgy vagyunk itt a hála illatszereivel és a remény kenetével, hogy még egyszer megmutassuk neki a szeretetet, amely nem vész el; ugyanazzal a kenettel, bölcsességgel, kifinomultsággal és odaadással akarjuk ezt tenni, mint amelyet ő tudott kiterjeszteni az évek során. Együtt akarjuk mondani: ’Atyánk, kezeidbe ajánljuk az ő lelkét.’” Ferenc szentbeszédében Benedek Deus caritas est (Isten szeretet) című, első enciklikájából is idézett. A szertartás végén több hívő azt követelte, Benedeket azonnal avassák szentté. 2005-ben, II. János Pál gyászszertartásán is sokan azt kiabálták: „santo subito”, vagyis „azonnal szent”.
A szertartás legmegrendítőbb pillanata az volt, amikor a koporsót szállítók egy pillanatra megálltak Ferenc pápa előtt, aki elődje koporsójára tette a kezét, majd imádkozni kezdett. Ferenc ekkor örök búcsút vehetett Benedektől.
A gyászszertartáson egy sor állam- és kormányfő is megjelent, de hivatalos küldöttséggel csak Olaszország és Németország volt jelen. Minden más állam- és kormányfő magánszemélyként vett részt az eseményen. Magyarországot Novák Katalin köztársasági elnök és Semjén Zsolt miniszterelnök-helyettes képviselte. A német delegációban megjelent Olaf Scholz kancellár és Frank-Walter Steinmeier köztársasági elnök. A Szent Péter téren volt továbbá Sergio Mattarella olasz köztársasági elnök és Giorgia Meloni kormányfő, emellett Fülöp belga király, Marcelo Rebelo de Sousa portugál elnök és sok más politikai vezető. Mintegy 130 bíboros és 3700 pap is részt vett a temetési szertartáson.
A Szent Péter téren sok német és lengyel zászlót lehetett felfedezni, és számos hívő érkezett XVI. Benedek szűkebb pátriájából, Bajorországból, többen jellegzetes bajor viseletet öltöttek magukra.
Mivel XVI. Benedek halála miatt nem kell konklávét összehívni az új pápa megválasztásához, az emeritus pápa gyászmiséjén kevesebb bíboros jelent meg, mint II. János Pál 2005-ös gyászmiséjén. Akkor egyébként mintegy 3,5 millió zarándok érkezett Rómába, sokan közülük Lengyelországból, Karol Wojtyla szülőföldjéről. II. János Pál gyászmiséjén mintegy 200 állam- és kormányfő, valamint a különböző vallási közösségek vezető képviselői, továbbá 157 bíboros, 700 érsek és mintegy 6000 újságíró vett részt.
Szerda este, miután az utolsó látogatók is elhagyták a Szent Péter-bazilikát, ahol Benedek holttestét hétfőn felravatalozták, földi maradványait egy citrusfából faragott koporsóba helyezték. Mielőtt a koporsó tetejére tették a fedelet, Benedek majdnem nyolc évig tartó pápaságához köthető tárgyakat helyeznek el benne. Ezek közé tartoznak a pontifikátusa idején vert euróérmék, vagy az ez idő alatt forgalomba került, az ő képmásával ellátott medalionok.
A pápaságáról szóló egyoldalas írásos beszámolót - olaszul "rogitót"– összetekerték, és egy hengeres csőbe csúsztatták, majd a koporsó belsejébe helyezték. Benedekkel együtt temették el a palliumot, papi pályafutásának ismertetőjegyeit. A rogitón, melynek szövegét a temetéssel egy időben hozták nyilvánosságra, egyebek mellett ez volt olvasható: „határozottan küzdött a kiskorúak vagy kiszolgáltatottak elleni bűncselekmények papi elkövetői ellen, folyamatosan megtérésre, imára, bűnbánatra és megtisztulásra hívta az egyházat".
A gyászmise végén XVI. Benedek földi maradványait a Szent Péter-bazilika alatti kriptába szállították, ahol mintegy kilencven egykori egyházfő földi maradványai találhatóak. XVI. Benedeket elődje, II. János Pál eredeti sírhelyén temettek el. János Pál földi maradványait 2011-es boldoggá avatása után a Szent Péter-bazilikába, a jobb oldali mellékhajónál lévő Szent Sebestyén-kápolnába vitték, Michelangelo Pietájának közvetlen közelébe.
A gyászszertartás idejére különleges biztonsági intézkedéseket léptettek életbe. A tér bejáratánál a hívőktől elvették a náluk lévő palackokat, esernyőjüket, sőt, a transzparenseket is. Ezeket távozásukkor adták vissza.
Az időjárás nem igazán kedvezett a temetési szertartásnak. Csütörtökön reggel ködbe borult a Szent Péter tér, s bár ez fokozatosan feloszlott, mivel éjszaka eső zúdult Rómára, víz borította be a Szent Péter téren elhelyezett székeket és a bazilika homlokzatát: ez alatt állították fel a pápai páholyt. Talán a nem túl barátságos időjárás miatt a várt 70 ezer helyett mintegy 45-50 ezren voltak a helyszínen. Míg a tér közepe zsúfoltnak tűnt, az oldalsó részeken sok üres hely maradt.
