Már a katonai kormányzat volt hatalmon 2013 novemberében, amikor 15 éves börtönbüntetésre ítélték. Megtámadta a döntést, s jelenleg is perének újratárgyalását várja. Abdel-Fattah szerint azonban az egész eljárás kirakatper.
Bár később lehetővé tették számára a szabadlábon való védekezést, újra letartóztatták, s ezután kezdte meg éhségsztrájkját. Felesége, Manal Hassan azt közölte, azután szállították kórházba, hogy életveszélyesen csökkent vércukor szintje. Az éhségsztrájk során 14 kilót vesztett – mondta a nő hozzátéve, hogy így harcol a szabadságáért. Ügyvédje szerint a hatalom mindenkit meg akar büntetni, akinek szerepe volt az egyiptomi arab tavaszban.