Horst Seehofer, a CSU elnöke állítólag azt mondta a bajor politikai erő egy tanácskozásán, amelyen a 2017-es választási stratégiáról volt szó, hogy amennyiben a kereszténydemokraták nem vállalják a konfrontatív politikát az AfD-vel szemben, úgy ő külön utakon kíván járni. A bajor miniszterelnök közölte, ez esetben nyilvánvalóvá kell tennie, hogy ő nem a kancellár politikájának a híve, s a választók rá és nem Merkelre voksolnak. Ez azt is jelentené egyúttal, hogy országosan sem támogatná a CSU a CDU politikáját, s garanciát kíván vállalni a párt arra, hogy Merkel nem tudja folytatni irányvonalát.
Merkel azonban a március közepén megrendezett részleges tartományi választásokat követően is világossá tette egy Seehofernek írott levélben, hogy marad az eddigi menekültpolitika. Alexander Dobrindt közlekedési miniszter egy a Spiegelnek adott interjúban azt mondta, egyelőre nyitott kérdés, hogy a voksolás előtt lesz-e közös programja a CDU-nak és a CSU-nak. „Nem gondoltam volna, hogy az uniópártok annyira különböző álláspontot tudnak képviselni, mint ahogy ezt a menekültkérdés kapcsán is láthattuk” – nyilatkozta.
