A tábornok rezsimjét amerikai katonai beavatkozással döntötték meg 1989-ben, George H. W. Bush a washingtoni kongresszus felhatalmazásával 27 ezer katonát küldött Panamába, nem utolsósorban az akkor még amerikai-panamai közös fennhatóság alatt álló csatornaövezet védelmének megerősítésére. A panamai kormányzattól előzőleg megvonták az amerikai katonai segélyt. Noriega ellen 1988-ban odahaza sikertelen puccskísérletet hajtottak végre. Noriega kubai titkokat árult el az amerikai hírszerzésnek, miközben panamai vízummal látott el kubai titkosügynököket, s mindeközben a kolumbiai drogmaffiával is üzletelt. Az amerikai beavatkozás közvetlen indoka volt, hogy panamai katonák megöltek egy fegyvertelen amerikai katonát a csatornaövezetben, egy másikat megsebesítettek.
Az inváziót követően Noriega december 24-én a Vatikán panamai nagykövetségére menekült, csak 1990. január 3-án adta meg magát. Floridába vitték, ahol már korábban vádat emeltek ellene a drogcsempészetben való részvétel miatt, 40 év börtönre ítélték, 2007-ben szabadulhatott volna, de Franciaországban gyilkosság és pénzmosás vádjával 7 évre ítélték. 2010-ben Párizsba érkezett, majd 2011-ben kiadták Panamának azzal a feltétellel, hogy további 20 évet hazai börtönben kell letöltenie. Betegsége miatt idén januártól házi őrizetbe került, márciusban jóindulatú agydaganattal megoperálták, a panamavárosi Santo Tomás kórházban halt meg.
