Az Európa Tanács alkotmányjogi kérdésekkel foglalkozó szakértői testülete hangsúlyozta, hogy miközben a törvénymódosítás rendelkezései jogszerűen alkalmazhatóak az újonnan letelepülő külföldi intézményekre, a már működő egyetemek esetében nem ez a helyzet. A szervezet ajánlásokat fogalmazott meg a magyar hatóságok számára, egyebek mellett a már jelenleg is működő külföldi egyetemek kivonását sürgette a szabályozás bizonyos előírása alól, azok jelentős része ugyanis "túlságosan szigorú sőt akár indokolatlan". Az állásfoglalás szerint emellett biztosítani kell, hogy a munkavállalási engedélyek kiadásáról szóló szabályok ne érintsék aránytalanul az akadémiai szabadságot.
Az állásfoglalást ismertető közleményben kiemelték: a módosítást a benyújtást követően meglehetősen gyorsan elfogadta a parlament, és ez nem tette lehetővé, hogy átlátható legyen a törvényalkotási folyamat, és annak során az érintett felek mindegyikével érdemben egyeztessenek. Ez pedig - mint fogalmaztak - segíthette volna a törvény demokratikus legitimációját.
A Velencei Bizottság rámutatott: bár a törvény szövegében nem neveztek meg egyetlen intézményt sem, a szabályváltozás főként a budapesti Közép-európai Egyetemet (CEU) érinti közvetlenül, a névhasználati tilalom például a Magyarországon működő 24 külföldi egyetem közül egyedül azt hozza hátrányos helyzetbe.
A testület delegációt küldött júniusban Budapestre, amelynek tagjai kormányzati tisztségviselőkkel és a CEU képviselőivel egyeztettek. Az Európai Bizottság július közepén úgynevezett indokolással ellátott véleményt küldött a magyar hatóságoknak az új felsőoktatási törvény ügyében, ami a korábban megindított kötelezettségszegési eljárás második szakaszát jelenti. A brüsszeli testület értékelése szerint a módosított törvény ellentétes a letelepedési, a szolgáltatásnyújtási, a tudományos, az oktatási, illetve a vállalkozási szabadságra vonatkozó uniós joggal. Magyarország ezért egy hónapot kapott arra, hogy összhangba hozza az uniós szabályokkal a kifogásolt törvényt, különben a bizottság az Európai Bírósághoz fordulhat.
