Olyan projekttervet állítottak össze áprilisban a szegedi és a pécsi egyetem kutatói, amelyben nagyon részletesen leírták, milyen metódus, milyen beválogatás és kizárási kritériumok mellett vesznek mintát ezer betegtől, és milyen módszerekkel dolgozzák fel azokat. Feltételezték: lennie kell olyan genetikailag megalapozott okoknak, amelyek a fiatal, társbetegség nélküli fertőzötteknél hozzájárulnak a súlyos lefolyás kialakulásához.
Gyanú esetén garatkaparékból mintát vesznek, majd PCR-vizsgálattal igazolják a fertőzést. Az igazolt fertőzöttektől a kutatók ezt követően még egyszer vesznek mintát, hogy meghatározzák a vírus genomját. A vírus izolált nukleinsavját elhelyezik a szegedi egyetem biobankjában - ez részét képezi a tanulmány során kialakított mintakollekciónak - a szekvencia meghatározását pedig a PTE-n Gyenesei Attila és kutatócsoportja végzi – közölte a Szegedi Tudományegyetem (SZTE) közkapcsolati igazgatósága.
A pácienstől vett vérből meghatározzák, milyen immunválaszt ad a beteg szervezete a fertőzésre. A szakemberek a vérminta elemzésével következtetnek arra is, hogyan változik meg a beteg génexpressziós profilja a fertőzés hatására, vagyis mely gének aktiválódnak és melyek hallgatnak el, és milyen mértékben a fertőzés hatására. Emellett minden egyes beteg esetében meghatározzák a páciens több mint húszezer fehérjét kódoló génjének teljes szekvenciáját is.
A kutatók ezzel a nagyléptékű vizsgálattal és szekvencia-összehasonlítással - amelyekhez referencia genomokat használnak - azt remélik, tudnak majd azonosítani olyan géneket és a géneken belül olyan variánsokat, amelyek örökletesek, és amelyek feltételezésük szerint meghatározzák vagy befolyásolják a betegség lefolyását a fertőzést követően.
A kutatáshoz az SZTE-n már meglévő biobanki tevékenység adja a hátteret. Pécsett történik a levett minták laboratóriumi feldolgozása és a genetikai állomány szekvenálása. Ezeket az analíziseket a két egyetem közösen végzi, mivel mindkét felsőoktatási intézmény komoly tapasztalattal rendelkezik a humán, illetve vírusgenomikai adatok feldolgozásában, valamint a génexpressziós változások elemzésében és értékelésében is. A kutatási program két lépcsőben zajlik: 2021 első feléig 200 beteg mintáit elemzik, majd meghatározzák, hogy a további 800 páciens adatait milyen mélységben, és milyen irányokra fókuszálva vizsgálják.
